San Martín disputó su segundo año en el torneo Infanto Juvenil de AFA en la zona B y logró mantener un buen rendimiento en la primera etapa del campeonato pero lamentablemente sobre el final decayó el nivel de los jugadores por culpa del gran desgaste que les produce competir en un nivel tan alto con clubes como Chacarita, Deportivo Morón, Temperley y Camioneros que tienen un gran rendimiento en infantiles.
En la categoría 2005, finalizó penúltimo con 13 puntos y tres partidos ganados, cuatro empatados y doce perdidos. En la 2006, culminó décimo cuarto con 19 unidades y cinco PG, cuatro PE y diez PP. Por último, en la 2007 acabó antepenúltimo con el mismo puntaje que la 2005 pero con cuatro PG, un PE y 14 PP.
A pesar de la baja cantidad de puntos, el técnico, Javier Viera demostró estar conforme con los resultados porque San Martín es un club formativo y logró que muchos jóvenes echeverrianos consigan ser traspasados a clubes del conurbano bonaerense más grandes como Lanús, Banfield, Temperley y Tristán Suárez. Además, admitió que a nivel futbolísitico no pueden ser competitivos contra los grandes equipos de la división porque los chicos no están preparados para mantener una exigencia muy grande durante todo el año.
